A pesar de que el Colegio de Bachilleres del Estado de Queretaro (COBAQ) mantiene becados al 92% de sus alumnos -28 mil de 33 mil estudiantes- la deserción escolar sigue siendo uno de los principales retos, cada ciclo escolar registra una deserción 10,560 jóvenes que por diversas motivos abandonan sus estudios del nivel media superior que cursan en alguno de los 60 planteles que tiene en el estado el COBAQ, los principales motivos falta de recursos, problemas familiares, el desinterés o por asumir la responsabilidad de un hogar.
«…el indicador de la media nacional anda muy alto, nosotros nos vamos por la captación de retención de estudiantes que podamos tener,la media nacional anda por el 62% nosotros andamos por el 68% de retención… (Sic)…, hay una gran cantidad de variables por las que desertan, por que no tienen medios económicos, por que no tienen interés, por que no se sienten a gusto, por que tienen necesidad de apoyar a su familia…». Héctor Guillén Maldonado, Dir. Gral. COBAQ
El COBAQ tiene una cobertura del nivel media superior del 47% de la población total de alumnos en edad de cursas el sistema de bachillerato en todo el estado incluidas las escuelas publicas y privadas, para mejorar la captación y reducir la deserción cuenta con el sistema de Educación Media Superior y A Distancia (EMSAD), y se encarga del sistema de preparatoria abierta en donde cursan sus estudios 7 mil jóvenes.